何先生熱心公益，他致力在醫療、教育、佛教和中華文化四個範疇上，透過慈善工作，提倡身心健康、推動當代人將佛教智慧運用於現世，推廣不同文化的互相理解。

何東家族與佛學淵源甚深，祖母張蓮覺居士篤信佛教，一生致力弘揚佛法。何鴻毅先生承繼祖母推廣佛教的遺願，於1994年在溫哥華親自籌建非牟利佛教慈善機構加拿大東蓮覺苑，並於2005年成立加拿大東蓮覺苑基金，設立佛學研究計劃和教席。該基金更聯同香港東蓮覺苑，向溫哥華卑詩大學、香港大學佛學研究中心、多倫多大學和泰國國際佛教大學等院校提供捐助。

何先生亦一直推動「佛門網」發展， 該網站是現今規模最大及瀏覽次數最高的佛教網站之一。

2005年，何先生成立獨立慈善機構何鴻毅家族基金。基金立足香港，致力在世界各地推廣中華文化和佛教哲理。基金先後在香港及海外城市籌辦及贊助多項文化計劃，並捐助世界多所著名學府和機構，致力培育佛學學者和立志以佛理服務社會的專才。在香港，基金策劃多個藝術教育計劃，透過攝影、寫作和舞蹈，激發青少年的創意。此外又出版了獲奬書籍，並發展遍及中港台、新加坡以至北美的文化教育工作坊。基金亦為教育工作者、作曲家、策展人和作家設立不同的創作、交流和學術研究計劃，為香港創建更精彩的文化環境。

作為溫哥華市民，何先生為加拿大醫療界提供捐助，在學術研究以至前線醫療服務等方面力求進步。為表揚他在這領域上的貢獻，加拿大政府於2018年將員佐級加拿大勲章頒予何先生，此勲章為加國最高榮譽之一。在此之前，何先生於2013年獲頒卑詩勲章，表揚他在該省提升醫學科研成就和提倡關注精神健康。

2014年，溫哥華綜合醫院暨卑詩大學醫院基金頒發「領袖年獎」予何先生，以彰顯其推動醫療發展及專才培訓的遠見。2017年，他獲「精神健康及戒癮中心」譽為全國150位關注精神健康的領袖之一，感謝他鼓勵社會重視精神健康，並改寫精神健康的未來。

2009年，何先生撥款支持溫哥華綜合醫院暨卑詩大學醫院基金，為專研前列腺癌、卵巢癌及髖部健康的國際知名計劃，興建「何鴻毅研究中心」，並於2011年九月正式啟用。2011年五月，何氏伉儷領頭捐助獅門醫院基金，於北溫哥華建精神科治療及教育中心 「The HOpe Centre」，並於2014年九月正式啟用。中心除了提供精神健康服務，更附設教學設施供卑詩大學醫學院使用，惠及學生和當地市民。「The HOpe Centre」成為了加拿大首屈一指專研精神健康的教學醫院及世界頂尖研究機構。

2011年十月，何先生再度捐助溫哥華綜合醫院暨卑詩大學醫院基金，成立「何鴻毅醫護服務基金」，投放資源培訓溫哥華沿海醫療局轄下地區的在職醫護及相關人才，提供教育、專業發展培訓和終身學習的機會，藉此改善醫療服務質素。此醫護服務基金在2016年進一步擴展至提供寧養服務培訓，邀請資深寧養護理臨床專家教授，惠及廣泛地區的患者及其家庭。

何先生曾獲多所知名學府頒授名譽學位，表揚他在推動文化藝術、學術研究、貢獻社會各方面的成就，當中包括香港演藝學院榮譽博士學位 (2007)、香港大學名譽社會科學博士學位 (2009)、哥倫比亞大學公共服務院長勳章 (2009) 、 科爾傑大學名譽人文學博士學位 (2011)、卑詩大學名譽法律博士學位 (2012)，及香港浸會大學榮譽人文學博士學位(2015)。